Setiap sekolah memiliki tujuan yang tentunya berbeda dari yang lain. Untuk itu tujuan MI Muhammadiyah 5 Kota Surabaya adalah sebagai berikut :

  1. Menyiapkan generasi unggul yang memiliki potensi di bidang IMTAQ dan IPTEK
  2. Mewujudkan lulusan yang beriman dan bertaqwa kepada Allah Subhanahu Wata’ala dan berakhlak mulia.
  3. Mewujudkan lulusan yang memiliki dasar-dasar pengetahuan, kemampuan, dan ketrampilan untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi.
  4. Mewujudkan lulusan yang memiliki dasar-dasar keagamaan sehingga mencintai agama, bangsa, masyarakat, dan kebudayaannya.
  5. Mewujudkan lulusan yang kreatif, trampil, dan berkarya untuk dapat mengembangkan diri secara terus menerus.
  6. Menjadikan Madrasah sebagai lembaga pendidikan Islam yang unggul dalam akademik maupun non akademik
  7. Mengutamakan hubungan baik antar sesama warga sekolah dengan selalu menjaga tali silaturrahim
  8. Memberikan contoh tauladan pada siswa dan lingkungan sekitar sebagai madarasah yang hebat dan bermartabat